在网络药理学研究中,通常需要查询西药的靶标等信息。大家用DrugBank数据库比较多。这里介绍一个新的西药数据库DrugCentral. 它的网址是:
DrugCentral是由美国新墨西哥大学与 Illuminating the Druggable Genome (IDG)项目合作创建和维护的在线药物信息资源。数据库提供有关活性成分、化学实体、药物产品、药物作用机制、适应症、药理功能方面的信息,包含FDA(U.S. Food and Drug Administration)、EMA(European Medicines Agency)和PMDA(Japan Pharmaceutical and Medical Devices Agency)批准的药物并定期更新。DrugCentral于2016年上线,2018年进行了升级。
数据库中药物作用机制信息来自若干专家注释的资源:ChEMBL数据库、Guide to Pharmacology , KEGG Drug, 以及人工从文献和药物标签提取。药物功能信息搜集自 Anatomical Therapeutic Chemical (ATC) 药物分类系统, the FDA Established Pharmacologic Class (EPC) , Medical Subject Headings (MeSH),Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology. 对2012年以前批准的药物,适应症信息来自OMOP 词汇;2012年以后批准的药物,适应症信息来自药物标签并对应到SNOMED-CT概念.
数据库包含的内容和它们之间的关系见下图。
2018年升级版加入了FDA不良事件报告系统(FAERS)信息,FDA橙皮书信息,L1000基因转录谱的距离/相似性矩阵和估计的质子化常数。
下面介绍DrugCentral的使用方法。
一、搜索
在网站首页的搜索框,直接输入搜索词,例如药物、靶标、疾病名称等,点击搜索按钮即可。
搜索词例子:
药物:Asprin
靶标:OPRM1
疾病:Chronic Hepatitis C
药物作用:HMG-CoA Reductase Inhibitor
二、下载:
点击主页的下载按钮,到达下载页面
可以下载数据库包含的所有药物-靶标相互作用的表格以及药物的各种格式的化学结构文件,包括SDF, SMILES, InChi.
从药物-靶标相互作用的表格可以很容易地获得一个药物的所有靶标。
三、功能相似性药物查询
DrugCentral 从CMAP L1000(https://clue.io/ ) 提取了将它包含的药物作用于细胞系的转录谱数据,共有1625种药物分别作用于9个不同细胞系的数据。当输入一种药物时,平台就将它的转录谱数据与其余1624种药物的转录谱数据进行比较,可按相似性(Pearson correlation)或距离(RMSD,Normalized RMSD)进行排序,Pearson correlation越接近于1(或Normalized RMSD越接近于0),2个药物的功能相似性越大。点击Download可以下载结果。